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目前我國基于RFID(射頻識別)、條碼二維碼等互聯網、物聯網技術的畜牧企業畜產品信息溯源系統建設，提升了我國畜牧生產管理水平和畜產品質量安全水平。但信息溯源系統局限性也很明顯，針對這一問題，在公益性農業行業科技專項、北京市科委食品安全專項等項目資助下，中國農業科學院農業質量標準與檢測技術研究所開展了這項研究，從而提高政府相關部門對畜牧疫病防控及畜產品質量安全監管的力度。
這套畜牧DNA溯源系統的原理就是，在畜牧動物剛入欄或打耳標時即采集其血液樣本進行保存，并記錄傳統RFID或二維碼等編碼信息。當動物經過屠宰銷售、物流儲運，最后進入超市飯桌后，即對于需要檢測的肉樣進行采集。然后通過傳統信息溯源找到原始保存的生物樣本，同時對兩份樣本進行DNA信息分析比對，若DNA指紋圖譜相同則為同一只個體，證明溯源信息可靠準確，反之則證明溯源信息不實。
動物源產品質量安全分析溯源與過程控制技術創新團隊首席楊曙明介紹說，DNA溯源系統關鍵技術之一是設計開發了一種耳標血斑卡，在傳統耳標基礎上改造嵌入一張經過特殊處理的濾紙片，在給動物打耳標的同時將動物耳朵滲出的血液自動采集在濾紙片上，屠宰時可與耳標一起剪下保存待查。該技術的優點是無需額外專門采集生物樣本，不增加企業工作量;同時該濾紙可常溫保存DNA一年以上，無需低溫冰箱，普通文件柜即可保存;每個濾紙片成本不足0.2元，也不會過多增加企業經濟負擔。
畜牧DNA溯源系統另外一個關鍵技術是開發了一套簡單易行可靠的微衛星DNA指紋圖譜比對技術。通過對國內外已報道的豬、牛等微衛星標記進行篩選，確定了其中16個微衛星標記可用于我國肉牛的DNA個體溯源，誤差率低于1/1010;同樣篩選到了可用于我國豬個體溯源的23個微衛星標記，誤差率低于1/1016。2015年，我國共屠宰肉牛數量為5000萬頭，也就是說利用本技術可實現我國所有牛的個體溯源鑒定。
